Les deux Églises protestantes, luthérienne et réformée, ont une existence parallèle depuis 1802, date de leur existence légale, mais leur création formelle est plus récente.
• L'Église évangélique luthérienne de France a été créée en 1872 en suite à la séparation des inspections de Montbéliard et de Paris du Directoire de l'Église luthérienne, resté à Strasbourg.
• L'Église réformée de France est née en 1938 en rassemblant les Églises de tendances libérales et orthodoxes, une partie des Églises réformées indépendantes et des Églises libres. Ces diverses tendances se retrouvent aujourd'hui.
   Née dans les années 60, la tendance au rapprochement aboutit en 1973 à la Concorde de Leuenberg (maintenant Communion), forme de consensus qui  permettra de nombreux accords entre Églises d'Europe : il y a union et reconnaissance mutuelle sur tout ce qui est essentiel (justification par la foi, prédication et sacrements), les points de différences étant secondaires et légitimes.
   L'EELF et l'ERF sont des Églises sœurs, elles ont un passé commun, des institutions communes, leurs pasteurs passent de l'une à l'autre… En janvier 2004, une commission mixte de 6 membres est nommée pour faire des propositions "en vue d'une meilleure collaboration… et d'une plus grande visibilité de notre commuion et de notre engagement au service de l'Evangile". Après approbation de ces propositions, un groupe de travail prépare le projet, qui est approuvé par le Synode commun de Sochaux-Montbéliard en mai 2007 : la création d'une Église protestante unie doit aboutir au plus tard en 2013.
L'essentiel. Les organisations locales et régionales sont inchangées ; aux 8 régions réformées s'ajoutent 2 régions luthériennes : Montbéliard et Paris. Au niveau national, l'Union sera une base commune de vie, ayant des textes communs, un Synode unique formé des délégués des deux Églises, un seul corps de ministres. Partout, la diversité et la sensibilité propres à chaque partenaire seront respectées  (ce qui répond aux réflexes identitaires qu'a fait naître le projet).
   Le but premier est "un meilleur témoignage de l'Evangile" et il serait erroné de considérer cela comme un vœu pieux : nos Églises sont discrètes, peu visibles ; ensemble, elles peuvent développer un message plus clair, proche de l'Evangile, dans une société où beaucoup cherchent une spiritualité.
Aujourd'hui. Les synodes régionaux de l'automne 2008, luthériens et réformés, avaient donné un avis favorable pour que le projet "Vers une Église protestante unie" soit présenté au Synode commun de mai 2009 à Bourg-la-Reine. Des amendements ont été apportés au projet à la suite des demandes formulées par les synodes régionaux. Une 2è décision a montré que certains délégués souhaitent aller plus vite et envisager la possibilité d'une union complète dans une région.
  Maintenant qu'il est approuvé, le groupe de travail, dit Comité de Pilotage, va étudier les points en suspens, comme le nom de l'Eglise, la possibilité d'une confession de foi commune, ainsi que les dispositions juridiques et administratives devant  aboutir aux statuts de l'Union.